徽州古建筑保護利用是黃山市徽州文化生態保護區建設的基礎工作，是一種文化生態整體保護利用的新探索，隨著古建筑保護利用的不斷深入，也顯露出一些問題。比如，保護利用資金仍嚴重不足。雖然近年來政府加大了保護資金投入，但與古村落、古建筑保護利用的現實需要來說，缺口仍然較大。
另外，保護和利用兩者難以實現平衡?；罩莨糯迓?、古建筑必須在利用中才能得到有效保護，但是利用要合理，開發須適度?；罩莨沤ㄖ枰M行有效保護、合理利用、加強管理，才能走向保護利用的科學之路。
專業技術人才仍處于短缺狀態。實施徽州古建筑保護利用，亟須大批懂行的傳統工匠、藝人，目前徽州古建筑傳統手工技術人員青黃不接，“師傅已老、徒弟沒找”現象普遍存在，許多徽州古建傳統手藝瀕臨失傳，應當加大徽州古建筑營造技藝的搶救和技術人才培訓，使祖先留下的珍貴文化遺產得到保護、傳承和發展。
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